インストール時には PREFIX の正しいサブディレクトリにファイルを置くように心がけてください. ソフトウェアによっては新しいディレクトリを一つ作って, ファイルを全部それに入れてしまうものがありますが, それは良くありません. また, バイナリ, ヘッダファイルとマニュアル以外のすべてを lib というディレクトリに入れてしまう port もありますが, これも BSD 的なファイルシステム構成からいうと正しくありません. これは以下のように分散すべきです. etc にセットアップ/コンフィグレーションファイル, libexec に内部で使用されるプログラム (コマンドラインから呼ばれることのないコマンド), sbin に管理者用のコマンド, info に GNU Info 用の文書, そして share にアーキテクチャに依存しないファイルが入ります. 詳細については hier(7) のマニュアルページを参照してください. /usr の構成方針はほとんどそのまま /usr/local にもあてはまります. USENET ``ニュース''を扱う ports は例外です. これらはファイルのインストール先として PREFIX/news を使用します.