WRKDIRPREFIX を尊重していることを確認してください. 特に, 別の port の WRKDIR を参照しているときには気を付けてください. 正しい場所は, WRKDIRPREFIXPORTSDIR/subdir/name/work です, PORTSDIR/subdir/name/work や .CURDIR/../../subdir/name/work ではありません.
また, 自分で WRKDIR 定義するときには先頭に ${WRKDIRPREFIX}${.CURDIR} が付いていることを確認してください.