WRKDIR の外に存在するファイルには 何も書き込んではいけません. port のビルド中に書き込み可能なことが保証されているのは WRKDIR の中だけです (書き込み不可のツリー上での port ビルドの例については, CDROM からの ports のコンパイル を参照のこと). pkg-* ファイルを 変更する必要があるときには, ファイルを上書きするのではなく 変数の再定義により 行なうようにしてください.